科学家伦多博士为了调查住在冰原的神奇宝贝而来到这里，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风。在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市，小智巧遇一名少年小超，小超因为四年前的事，让他无法和神奇宝贝相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这个问题，这时候突然出现了神秘神奇宝贝代欧奇希斯，以高科技城市为舞台，神奇宝贝史上最大的冒险将要展开。