电影讲述了一个发生在大唐永徽年间，天象异乱，民不聊生。祈福过程中惊现千首妖，无数百姓遇害。朝廷被迫启用死囚独孤（任达华 饰）查案。探案过程中迷雾重重，千首妖案仿佛只是最浅表的一环。另一方面，表面肩负正义的独孤似乎也有着不为人知的黑暗过往的故事。